تأسست النواة الأولى للجمعية عام 1962 بافتتاح أول بيت للأيتام أطلق عليه " بيت الخليل الخيري للأيتام" ضم (15) يتيماً في بيت تبرع فيه احد مؤسسي الجمعية الحاج عيسى عبد النبي النتشة,وفي عام 1968 تأسست مدرسة ثانوية الخليل الشرعية لتكون أول مشروع تعليمي تربوي للجمعية والفريد من نوعه في منطقة الضفتين,وفي عام 72-1973 تم إنشاء بناء للجمعية في منطقة الحاووز ليضم طلاب البيت والثانوية الشرعية كبناء مستقل ليكون إنجازاً عظيماً لجمعية ما زالت في خُطاها الأولى,وفي عام 1977 تم بناء مستقل للمدرسة الشرعية للبنين,وفي عام1983 تم بناء بيت الخليل الخيري لليتيمات والمدرسة الشرعية للبنات لتكون المدرسة الإسلامية الأولى الخاصة بالبنات في الضفة,1985 افتتح مشغل الخياطة للجلباب واللباس الشرعي كأول مشروع للاكتفاء الذاتي للجمعية,وفي عام 1989 تم تشييد بناء مستقل للمدرسة الشرعية للبنات.
في عام 1990 تأسس وقف مزرعة الريان للأبقار الحلوب كثاني مشروع تحقق من خلاله الجمعية اكتفاءً ذاتياً للأيتام والأسر والعاملين, وفي عام 1998 توجت الجمعية مشاريعها بإنشاء " سوق الهدى التجاري",وفي العام نفسه تم بناء وقف إسكان سمو الأمير الشيخ الدكتور سلطان القاسمي حاكم الشارقة,وفي عام 1999 تم افتتاح مكتبة الأنوار الإبراهيمية للأطفال وبناء مدرسة الهدى,وفي عام 2000 تم افتتاح مدرسة ذكور الرحمة الأساسية,وفي عام 2001 تم إنشاء مشروع متميز وإبداعي إلا وهو دائرة الإنشاءات والمشاريع والشؤون القانونية.وفي عام 2002 افتتح قسم الأيتام والرعاية الاجتماعية وافتتاح وقف مخبزي الرحمة (1 ، 2) كثالث مشروع يحقق من خلاله الاكتفاء الذاتي.
وقد شهدت الأعوام ما بين 2002 وحتى يومنا هذا تطوير وتوسعة مشاريع الجمعية ومرافقها.
والمراقب لمسيرة التأسيس يجد فيه تاريخ مؤسسة عريقة وراسخة وتحمل أهدافاً تسعى لتحقيقها,ويجد تخطيطا موفقا للوصول بالجمعية للاكتفاء الذاتي في خدمة الأيتام والأسر المحتاجة وتغطية نفقات العاملين,في ظروف احتلالية وعنجهية تحارب كل رمق للحياة في هذا الشعب الأبي.